APOGEE procède tous les ans à une analyse comparative des coûts de gestion des organismes de logement social.
Il s'agit des coûts opérationnels, hors coûts directement affectables aux immeubles gérés. Ces coûts comprennent les salaires et charges, frais généraux, assurances, informatique et système d'information, formation, gestion comptable et administrative, locaux d'exploitation, etc.
Les coûts sont établis en coûts complet, avec imputation d'une quote-part de frais généraux communs aux différentes activités: construction, réhabilitation, accession, etc.
L'analyse distingue la gestion centrale et la gestion de proximité.
Les ratios sont établis par logement, par équivalent-logement, ou en pourcentage des loyers.
Une analyse particulière est menée sur les systèmes d'information.
Les coûts de production des logements sont également analysés

Depuis peu, une analyse est également conduite par processus, à la fois en termes des coût, et d'effectifs.

Cette analyse annuelle, pilotée par le groupe des directeurs financiers, fait l'objet d'une cotisation spécifique.